Ο Νιλς, γεμάτος θάρρος και ανυπομονησία, είναι ένας πραγματικός επαναστάτης απέναντι στην εξουσία. Μια μέρα, ο παιχνιδιάρης ξωτικός Αθάνορ τον μεταμορφώνει σε έναν μικροσκοπικό άνθρωπο. Ο Νιλς ανακαλύπτει ότι τώρα μπορεί να μιλήσει με τα ζώα και κάνει έναν νέο φίλο: τον Μάρτιν, την πάπια. Μαζί με τον πιστό του φίλο, ο Νιλς ξεκινά το πιο εξαιρετικό ταξίδι του ανάμεσα στις άγριες χήνες.

Με την παρέα της Άκκα, της έμπειρης ηγέτιδας των χηνών, του Γκόργκο, του αετού που πιστεύει ότι είναι χήνα, της γοητευτικής Μαλακής Πτέρης και των δύο ανταγωνιστικών της αδελφών, ο Νιλς μαθαίνει να ζει σύμφωνα με τους κανόνες μιας κοινότητας.

Όμως, ποιοι ήταν οι αληθινοί σκοποί του Αθάνορ όταν μεταμόρφωσε τον Νιλς; Να δώσει στη νεαρή ξωτική Λίνα έναν σύμμαχο ενάντια στα επικίνδυνα σχέδια του Σκοτεινού Ξωτικού για κατάκτηση και να τη βοηθήσει να προστατεύσει τον κόσμο της και τη φύση.